O presente trabalho caracteriza a região 3'-terminal do genoma de um isolado do Southern bean mosaic virus encontrado no Estado de São Paulo (SBMV-SP). O RNA foi extraído de partículas virais purificadas e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar 972 nt da região 3'-terminal do RNA viral. Foi obtido fragmento de tamanho esperado que inclui o gene da proteína capsidial e a região 3'-terminal não codificadora. O gene da proteína capsidial (ORF4) contém 801 nucleotídeos, incluindo-se o códon de terminação UGA, com seqüência deduzida de 266 aminoácidos e massa molecular estimada de 28.800 Da. Sessenta e um aminoácidos terminais da ORF2 estão sobrepostos na ORF4. O "sinal de localização nuclear", encontrado dentro do "Domínio R" na região 5'-terminal da ORF4 de alguns sobemovírus, não foi identificado no SBMV-SP. Esse dado pode explicar a ausência de partículas virais do SBMV-SP no núcleo celular. A seqüência do SBMV-SP apresentou identidade de nucleotídeos e aminoácidos de, respectivamente, 91% e 93% com o isolado "Arkansas" (SBMV-ARK) descrito nos EUA. Os resultados obtidos indicam que o SBMV-SP e o SBMV-ARK são isolados muito proximamente relacionados.

We report the characterization of the 3'-terminal genome region of an isolate of Southern bean mosaic virus found in the State of São Paulo, Brazil (SBMV-SP). The RNA was extracted from purified virus particles and subjected to RT-PCR using oligonucleotides designed to amplify 972 nt of the 3'-terminal region of the viral genome. The coat protein gene (ORF4) contains 801 nt, including the stop codon UGA, coding for 266 amino acids with a predicted molecular weight of 28,800 Da. The 3'-terminus of ORF2 overlaps the 5'-terminus of ORF4 in 61 amino acids. The nuclear localization signal sequence, found in the "R domain" at the 5'-terminal of the ORF4 in some sobemoviruses, was not identified in SBMV-SP. This could explain the absence of SBMV-SP particles inside the cell nucleus. The SBMV-SP sequence showed identity of nucleotides and amino acids of, respectively, 91% and 93% with the "Arkansas" isolate (SBMV-ARK) described in the USA. The results obtained in the present work indicate that SBMV-SP and SBMV-ARK are closely related isolates of the same virus.

O vírus A da videira (Grapevine virus A, GVA) e o vírus B da videira (Grapevirus virus B, GVB) estão associados à acanaladura do lenho de Kober ("Kober stem grooving") e ao fendilhamento cortical da videira ("grapevine corky bark"), respectivamente. Este trabalho descreve o uso de sondas moleculares de cDNA na detecção de isolados do GVA (GVA-SP) e do GVB (GVB-C-SP e GVB-I-SP) em videiras (Vitis spp.) e fumo (Nicotiana occidentalis). As sondas marcadas com digoxigenina foram produzidas por RT-PCR utilizando oligonucleotídeos específicos para os genes da proteína capsidial. Os RNA totais foram extraídos de 45 plantas de diversas variedades de videira e de 13 plantas de fumo inoculadas mecanicamente com o GVB. Os RNA extraídos das plantas infetadas, indexadas biologicamente, hibridizaram com as sondas, não se verificando reação com plantas sadias. Para confirmar os resultados de hibridização, foram também feitos testes de RT-PCR. A utilização de hibridização "dot-blot" com sondas de cDNA mostrou-se eficaz na detecção dos vírus com especificidade e sensibilidade, ressaltando-se que, preferencialmente, folhas maduras e ramos dormentes devem ser utilizados nos testes diagnósticos para o GVB e GVA, respectivamente.

Grapevine virus A (GVA) and Grapevine virus B (GVB) are involved in the Kober stem grooving and grapevine corky bark diseases, respectively. This work reports the molecular detection of isolates of GVA (GVA-SP) and GVB (GVB-C-SP and GVB-I-SP) in grapevines (Vitis spp.) and tobacco (Nicotiana occidentalis) by non-radioactive molecular probes. The digoxigenin-labeled probes were generated by RT-PCR using specific primers to the coat protein genes. Total RNA was extracted from 45 plants of several grapevine varieties and from 13 plants of tobacco mechanically inoculated with GVB. The RNA extracted from infected plants, considered infected by biological indexing, reacted to the cDNA probes while there was no hybridization with healthy plants. These results were also confirmed by RT-PCR experiments. The use of the cDNA probes hybridization was proved to be efficient in detecting both GVA and GVB with high specificity and sensitivity. However, mature leaves and dormant cuttings should be preferably used in diagnostic tests of GVB and GVA, respectively.

No ano agrícola de 2000/2001, ocorreu um surto de nanismo e necrose da haste em soja (Glycine max) plantada em duas áreas do Brasil Central e na safra seguinte, esta anomalia foi constatada em outras regiões produtoras, mesmo distantes mais de 2.000 km de onde fora inicialmente constatada. Estudos envolvendo ensaios de transmissão (enxertia, mecânica e insetos vetores), microscopia eletrônica, purificação, sorologia e ensaios moleculares indicaram que a enfermidade foi causada por um carlavirus transmitido por mosca branca, possivelmente relacionado ao Cowpea mild mottle virus (CpMMV).

Stunting and stem necrosis were noticed in soybeans (Glycine max) grown in 2000/2001 in West Central Brazil the same condition was also observed in the following year in plantations as far as 2,000 km from the initial area. Based on transmission (mechanical, graft, insect vector), purification and serology, electron microscopy and molecular studies the causal agent was determined to be a whitefly-borne carlavirus which is possibly related to Cowpea mild mottle virus (CpMMV).

O presente trabalho caracteriza a região 5'-terminal de um isolado do Southern bean mosaic virus encontrado no Estado de São Paulo (SBMV-SP). O RNA foi extraído de partículas virais purificadas e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar cerca de 590 nt da região 5'-terminal do RNA viral. Foi obtido um fragmento de tamanho esperado que, após clonagem e seqüenciamento, mostrou a existência de uma região não codificadora com 92 nt e a primeira ORF, começando no primeiro AUG (posição 93) e terminando no códon UGA na posição 534. Na região não codificadora foi detectado um segmento parcialmente complementar ao RNA ribossomal 18S. A ORF1 codifica uma proteína de 147 aminoácidos com massa molecular estimada de 17080 Da. A extremidade 3' da ORF1 sobrepõe a extremidade 5' da ORF2 em 34 nucleotídeos. Os resultados obtidos indicam que a região 5'-terminal do RNA do SBMV-SP é similar ao isolado Arkansas (SBMV-ARK) descrito na América do Norte.

We report the characterization of the 5'-terminal region of an isolate of Southern bean mosaic virus found in the São Paulo State, Brazil (SBMV-SP). The RNA was extracted from purified virus particles and subjected to RT-PCR using oligonucleotides designed to amplify about 590 nt of the 5'-terminal region of the viral RNA. A fragment with the expected size was obtained, which, after cloning and sequencing, showed the existence of a 5' non-coding region with 92 nt and the first ORF, starting at the first AUG (position 93) and ending at a UGA stop codon at position 534. A small site, partially complementary to the 3'-terminus of 18S ribossomal RNA was detected at the non-coding region. The ORF1 may encode a protein containing 147 amino acids with a deduced molecular weight of 17080 Da. The 3'-terminus of ORF1 overlaps the 5'-terminus of ORF2 in 34 nt. Our results indicate that the 5'-terminal region of SBMV-SP is similar to that of the Arkansas isolated (SBMV-ARK) described in the North America.

O presente trabalho caracteriza o gene codificador da proteína capsidial do isolado do Grapevine virus A (GVA) encontrado no Estado de São Paulo (GVA-SP). RNA total foi extraído de folhas e pecíolos de plantas de videira (Vitis spp.) da variedade 'Kober 5BB' e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar um fragmento entre as posições 6409 e 7175 do RNA do GVA ("GenBank", acesso X75433). Foi obtido um fragmento de tamanho esperado (767 nt) que inclui o gene da proteína capsidial, codificando 198 aminoácidos. A seqüência do GVA-SP apresentou similaridade de nucleotídeos e aminoácidos de, respectivamente, 86-92,3% e 94,5-98% com isolados do GVA da Europa, África e Japão (Acessos X75433, AF441234, AF007415, AB039841) e da região Sul do Brasil (Acesso AF494187), sendo, entretanto, mais similar aos isolados africano e italiano.

We report the characterization of the coat protein gene of a Brazilian isolate of Grapevine virus A (GVA-SP). Total RNA was extracted from leaves and petioles of GVA infected plants of the grape (Vitis spp.) variety 'Kober 5BB' and subjected to RT-PCR using primers designed to amplify a fragment between positions 6409 and 7175 of the GVA RNA (GenBank Accession X75433). A fragment of the expected size (767 nt) was obtained which included the coat protein gene coding for 198 amino acids. The GVA-SP sequence displayed nucleotide and amino acid similarity of, respectively, 86-92.3% and 94.5-98% with GVA isolates from Europe, Africa and Japan (Accessions X75433, AF441234, AF007415, AB039841) and Southern Brazil (Accession AF494187). The highest identity, however, was with the African and Italian isolates.

O presente trabalho teve como objetivo a identificação e caracterização de um potyvírus isolado de Zinnia elegans, na Região Noroeste do Estado de São Paulo. O potyvírus foi transmitido por inoculação mecânica e apresentou uma gama restrita de hospedeiras sendo que as espécies mais afetadas pertencem à família Asteraceae. Em SDS-PAGE, a massa molecular da proteína capsidial (CP) foi estimada em 33 kDa e, em "Western-blot", reagiu com anti-soro para o Bidens mosaic virus (BiMV). Um fragmento de aproximadamente 820 pb foi amplificado por RT/PCR, clonado e seqüenciado. O fragmento, que inclui o gene da proteína capsidial, mostrou similaridade de aminoácidos do "core" da CP variando de 55% (Tobacco vein mottling virus, TVMV) a 95% (Sunflower chlorotic mottle virus, SuCMoV) e da CP completa de 55% (TVMV) a 91% (SuCMoV). Na região N-terminal, o potyvírus de Zinnia tem uma deleção de quatro aminoácidos (posições 9 a 12 após o sítio de clivagem entre a proteína NIb e a CP) quando comparada com a seqüência do SuCMoV. A análise filogenética agrupou o potyvírus de Zinnia e o SuCMoV em um mesmo ramo em 100% das réplicas, mostrando uma relação de parentesco muito próxima entre esses dois vírus. Os resultados obtidos no presente trabalho demonstraram que o potyvírus de Zinnia e o SuCMoV são estirpes do mesmo vírus. Sugere-se o nome Sunflower chlorotic mottle virus, isolado Zinnia (SuCMoV-Zi), ao potyvírus encontrado em Z. elegans no Brasil.

The present work describes the identification and characterization of a potyvirus isolated from Zinnia elegans in the northwest region of the State of São Paulo, Brazil. The Zinnia potyvirus was transmitted by mechanical inoculation. Its host range was restricted mainly to members of the Asteraceae family. By SDS-PAGE, the molecular mass of the coat protein (CP) was estimated to be 33 kDa and, in Western-blot, it reacted with antiserum to Bidens mosaic virus (BiMV). A fragment of about 820 bp was amplified by RT/PCR, cloned and sequenced. The fragment, which included the CP gene, displayed amino acids similarity in the CP core ranging from 55% (Tobacco vein mottling virus, TVMV) to 95% (Sunflower chlorotic mottle virus, SuCMoV). For the whole CP, it ranged from 55% (TVMV) to 91% (SuCMoV). In the N-terminal region the Zinnia potyvirus has a deletion of four amino acids (positions 9 to 12 downstream of the cleavage site between the protein NIb and the CP) when compared with the SuCMoV sequence. Filogenetic analysis grouped the Zinnia potyvirus and SuCMoV in the same branch in 100% of the replicates, showing a very close relationship between these two viruses. The results obtained in the present work demonstrate that the Zinnia potyvirus and SuCMoV are strains of the same virus. The name Sunflower chlorotic mottle virus, Zinnia isolate (SuCMoV-Zi), is suggested for the potyvirus found in Z. elegans in Brazil.

No presente trabalho, descreve-se a caracterização do gene codificador da proteína capsidial de dois isolados sintomatologicamente distintos do Grapevine virus B (GVB). Para isto, RNA totais foram extraídos de folhas e pecíolos de videiras (Vitis spp.) infetadas, cultivares Rubi (GVB-C SP) e Itália (GVB-I SP) e utilizados para amplificar, por RT/PCR, um fragmento entre as posições 6425 e 7118 (694 nucleotídeos, nt) do RNA do GVB ("GenBank", acesso X75448). O fragmento obtido inclui o gene da proteína capsidial (594 nt) codificando 197 aminoácidos com massa molecular estimada em aproximadamente 21.600 Da. A seqüência do GVB-C SP apresentou maior similaridade de nucleotídeos e aminoácidos deduzidos com o isolado italiano (acesso X75448), enquanto que o GVB-I SP foi mais similar a um outro isolado brasileiro do GVB descrito no Rio Grande do Sul (GVB BR1, acesso AF438410). Os dois isolados paulistas do GVB podem ser diferenciados por digestão com a enzima de restrição EcoRI, uma vez que há um sítio interno no GVB-C SP que está ausente no isolado GVB-I SP.

The present work describes the characterization of the coat protein gene of two isolates of Grapevine virus B (GVB), which can be differentiated by their biological behavior on some grape cultivars. The total RNA was extracted from leaves and petioles of infected grapevines (Vitis spp.) of the cultivars Rubi (GVB-C SP) and Italy (GVB-I SP) and used to amplify, by RT/PCR, a fragment between positions 6425 and 7118 (694 nucleotides, nt) of the genomic RNA (GenBank, access X75448). The fragment comprises the coat protein gene (594 nt) coding for 197 amino acids with a predicted Mr of 21,600 Da. The sequence of GVB-C SP showed a greater similarity of nucleotides and deduced amino acids with the Italian isolate (access X74448), while the GVB-I SP was similar to a Brazilian isolate described in the State of Rio Grande do Sul , Brazil (GVB BR1, access AF438410). The isolates GVB-C SP and GVB-I SP can be differentiated by digestion with the enzyme EcoRI, since this restriction site is present on the GVB-C SP but absent on GVB-I SP.

O vírus latente da couve (Cole latent virus, CoLV), gênero Carlavirus, foi estudado, por microscopia eletrônica de transmissão e técnicas bioquímicas, em relação à ultra-estrutura das células infetadas de Chenopodium quinoa, e de sua associação com os cloroplastos. O CoLV foi observado como partículas dispersas pelo citoplasma entremeadas com vesículas membranosas e ribossomos e/ou como densas massas de partículas. Estes partículas reagiram por imunomarcação com anti-soro policlonal para o CoLV. Morfologicamente, cloroplastos, mitocôndrias e núcleos mostraram-se inalterados e partículas virais não foram encontradas dentro dessas organelas. Entretanto, agregados de partículas virais foram freqüentemente vistos em associação com a membrana externa dos cloroplastos e ocasionalmente com peroxissomos. Cloroplastos foram purificados em gradiente de Percoll e as proteínas e os RNA foram extraídos e analisados, respectivamente, por "Western blot" e "Northern blot". Proteína capsidial e RNA associados ao CoLV não foram detectados nessa organela. Os resultados aqui obtidos indicam que a associação CoLV/cloroplastos, observada nos estudos de microscopia eletrônica, é possivelmente um evento casual dentro da célula hospedeira e que o vírus não se multiplica dentro dessa organela.

Cole latent virus (CoLV), genus Carlavirus, was studied by electron microscopy and biochemical approaches with respect both to the ultrastructure of the Chenopodium quinoa infected cells and to its association with chloroplasts. The CoLV was observed to be present as scattered particles interspersed with membranous vesicles and ribosomes or as dense masses of virus particles. These virus particles reacted by immunolabelling with a polyclonal antibody to CoLV. Morphologically, chloroplasts, mitochondria and nuclei appeared to be unaltered by virus infection and virus particles were not detected in these organelles. However, virus particle aggregates were frequently associated with the outer membrane of chloroplasts and occasionally with peroxisomes. Chloroplasts were purified by Percoll gradient, and the coat protein and virus-associated RNAs were extracted and analyzed by Western and Northern blots respectively. Coat protein and CoLV-associated RNAs were not detected within this organelle. The results presented in this work indicate that the association CoLV/chloroplasts, observed in the ultrastructural studies, might be a casual event in the host cell, and that the virus does not replicate inside the organelle.

Um isolado do Southern bean mosaic virus (SBMV), gênero Sobemovirus, encontrado em feijoeiro (Phaseolus vulgaris) no Estado de São Paulo, foi purificado e algumas de suas propriedades moleculares determinadas. As partículas virais apresentam diâmetro de 28-30 nm e proteína capsidial com massa molecular estimada em 30 kDa. Das partículas virais foi extraído RNA de vários tamanhos (4,2 Kb, 3,1 Kb, 2,65 Kb, 2,15 Kb, 1,64 Kb, 1,36 Kb e 1,0 Kb) sendo aquele de 4,2 Kb o RNA genômico e o de 1,0 Kb supostamente um subgenômico que codifica para a proteína capsidial. Ácidos ribonucleicos de mesmo tamanho foram também detectados in vivo, indicando estar associados à replicação viral. Na análise do RNA de fita dupla (dsRNA), somente duas espécies foram detectadas (4,2 Kpb e 1,0 Kpb) correspondendo às formas replicativas do RNA genômico e do subgenômico para proteína capsidial. Os resultados indicam que somente estes dois RNA são replicados por meio de formas replicativas (RFs), enquanto os demais devem ser formados talvez por iniciação interna da fita negativa do RNA genômico. O SBMV-B SP apresentou propriedades moleculares análogas àquelas do SBMV descrito na América do Norte.

An isolateof the Southern bean mosaic virus (SBMV), genus Sobemovirus, found in the State of São Paulo, Brazil, was purified and some of its molecular properties determined. The virus particles are 28-30 nm in diameter and the coat protein has a molecular mass of 30 kDa. A heterogeneous population of RNAs (4.2 Kb, 3.1 Kb, 2.65 Kb, 2.15 Kb, 1.64 Kb, 1.36 Kb and 1.0 Kb) was extracted from virus particles, where those of 4.2 Kb and 1.0 Kb are, respectively, the genomic and the putative subgenomic RNA for coat protein. RNAs of the same size were also extracted from infected common bean (Phaseolus vulgaris) leaves, indicating that they must have some function in the virus replication cycle. Only two species of double-stranded RNAs (dsRNA) were extracted from infected tissues (4.2 Kbp and 1.0 Kbp), corresponding to the replicative forms of the genomic RNA and the subgenomic RNA for coat protein. These results indicate that only these two RNAs replicate by means of replicative forms (RF) while the others are probably synthesized by an internal initiation of the negative strand of the genomic RNA. The SBMV-B SP showed molecular properties analogous to the SBMV described in North America.